Die Gründung des Historischen Museums Heiden geht zurück auf die 1870er Jahre. Mit dem Neubau des Postgebäudes um 1950 und mit der Vergrösserung von 1988 verfügt es heute über eine Ausstellungsfläche von rund 450 m². Das Museum ist wie folgt gegliedert:

Historisches Museum
Dokumentation der Geschichte der Gemeinde Heiden. Stiche schildern den verheerenden Dorfbrand von 1838. Gleich einem Phönix aus der Asche sollte Heiden danach zu einem der bekanntesten Kurorte Europas werden, dank Molkenkuren und durch den weltberühmten Augenarzt Albrecht von Graefe (1828 - 1870). Darüber hinaus vermittelt das Historische Museum Einblicke in die gehobene lokale Wohn- und Haushaltkultur. Eine Sammlung von bemalten alten Schränken und Truhen, Holzräderuhren, Osterschriften und eine spielbare Hausorgel aus den 1780er Jahren vervollständigen die Eindrücke. Mit der Teil-Neugestaltung vom Winter 2011/12 wird die Ortsgeschichte bis in die Gegenwart dokumentiert.

Naturhistorisches Museum
Der Besucher ist überrascht ob der Vielfalt von präparierten Tieren: Sing-, Schwimm- und Raubvögel, Schweizer Wild- und Raubtiere, Schmetterlinge, Reptilien, aber auch Tiere aus fernen Kontinenten, wie Ameisenbär, Jaguar, Krokodil, Python, Faultier, Kakadu etc., oder gar der Schädel eines Elefanten.

Völkerkundliche Sammlung
Das ethnologische Abteil verdankt seine Existenz dem Heidener Emanuel Traugott Zimmermann, der von 1873 bis 1910 Schweizer Konsul war in Batavia (Djakarta, Java). Er vermachte der Gemeinde Heiden seine Sammlung von Schmuck,
Kult-, Jagd- und Gebrauchsgegenständen der Eingeborenen aus Indonesien, zusammen mit einer Vielzahl von exotischen Tieren.

Archiv Carl Böckli – alias Bö (1889-1970)
In einem Sonderraum präsentiert die Bö-Stiftung Heiden eine grossflächige Zeitdokumentation über den berühmten Karikaturisten. Zu sehen sind Originale seiner Karikaturen, die überdauernde menschliche Schwächen und Torheiten ohne Verfalldatum aufs Korn nehmen, sowie Dokumente, Filme und persönliche Gegenstände. «Bö» war von 1927 bis 1962 Redaktor des «Nebelspalters» und wohnte von 1936 bis zu seinem Tode in Heiden. Sonderführungen für Gruppen.